A endoscopia é feita com um aparelho chamado “endoscópio”, um longo e fino tubo flexível, com cerca de 1 metro de comprimento e 8 a 11 milímetros (0,8 a 1,1 cm) de diâmetro, possui uma câmera de alta resolução e uma fonte de luz própria, que serve para iluminar o interior dos órgãos, permitindo que os órgãos sejam filmados e fotografados ao vivo. 
O aparelho endoscópio é capaz de filmar, aspirar, e injetar água e ar, através dele pode-se introduzir pinças para biopsia, alcoolização com agulha, clamps, pinça como redes e cestos para retirar corpo estranho, balão para dilatação, entre outros. Deste modo, através do endoscópio uma variedade de procedimentos podem ser realizados com segurança durante uma endoscopia digestiva alta.

É um aparelho manuseando pelo médico na hora da endoscopia, que irá introduzi-lo na boca do paciente passando pelo esôfago, estômago e duodeno, de maneira mais confortável possível, sem machucar, engasgar, ou sentir maiores desconfortos. O aparelho é seguro, esterilizado e revisado a cada procedimento.